GHS的第一部分措施将于6月1日开始生效，但是据Phileleftheros报道，由于健康保险组织(OAY)和民事登记及移民部门的办理程序不兼容，欧盟和第三国公民在GHS登记时遇到了一系列问题。报道称，在过去几天里，有数十人联系了这家报纸，称他们无法在公共卫生系统（GHS）注册。
其中一些雇主说，虽然他们每月从雇员的收入中扣除对雇员的供款，但他们的非塞浦路斯雇员没有在系统中登记。同时，有些1960年以前出生的人，以及塞浦路斯共和国成立之前出生的人，在登记方面也有问题，因为他们的身份是由殖民当局签发的，而民事登记部门承认他们是英国公民。
针对这些问题，健康保险机构发布了以下公告，以协助市民向健康保险办事处登记:
欧盟公民须知
据塞浦路斯民政局和移民局表示，为了能够继续办理GHS登记，在塞浦路斯工作的欧盟公民，如果没有更新他们在社会保险服务机构(SIS)的记录和他们的外国人登记证(ARC)号码，就必须按注意以下事项：
除非他们持有可携式S1文件，否则不要选选择“S1文件持有人”类别，因为这会延误他们登记GHS的程序。
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欧盟公民在2004年以前开始居住在塞浦路斯，但没有外国人登记证，则需要先签发外国人登记证，并将其与他们的社会保险服务文件联系起来。
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居住在塞浦路斯5年以上并拥有永久居住证(MEU3)的欧盟公民可以使用其MEU3文件的详细信息向GHS注册。
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从社会保险服务机构领取养老金并拥有MEU3的欧盟公民可以使用这些文件上的详细信息向GHS登记。
第三国公民须知
第三国公民注册GHS的注意事项：
凡持有有效居留及工作许可证的人士，均须使用许可证上所列的资料，才可申请GHS。
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许可证已过期而续期程序仍在进行的人士，OAY正在作出相关修订，以便在许可证续期程序结束前可使用GHS。
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正在向民事登记处及入境事务处办理登记手续，以取得居民及工作许可证的人士，须等待进一步的资料更新。
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获认可的政治难民及享有辅助保护身份人士，可使用其居留许可证上的资料，向GHS登记。
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同时，OAY正在作出努力，使没有身份证号码的非塞浦路斯父母，以及在塞浦路斯出生的儿童能够登记。
欧盟和第三国公民在另一个欧盟国家拥有健康保险的说明
在其他欧盟国家投保并持有S1文件的欧盟及第三国公民可通过邮寄方式向健康保险机构(OAY)递交申请及S1文件，向健康保险机构登记，该机构会审核申请人的申请。
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欧盟和第三国公民的亲属在另一个欧盟国家投投保，但没有受雇或持有MEU1文件，应通过受益人门户网站向GHS在线注册，等待被告知应将哪些文件发送到OAY。
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所有将被要求提交进一步详情的人士，应通过受益人网站列印他们的网上申请，并将其包括在寄往大屿海办的信件内。当他们的申请被批准后，他们将收到一个在线通知，通知知他们可以与医生注册。
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