虽然相比其他国家，在日本上学的所需费用较低，但如果一味的说在日本上学就是物美价廉，其实还是有些夸张的。说到日本的教育成本，其实还是有门槛的，随着家庭年收入的增加，学习费总额也有增加的倾向。
例如，日本公立高中和私立高中三年的学费有多少差别？根据文部科学省的调查，其学习费总额差为2.1倍（全日制的情况）。公立高中，每人的教育费一年约46万日元，私立高中，每人的教育费一年约97万日元。在学校教育费中，差距最大的是学费和学校缴纳金等。
在这样的情况下，为了平等地给予学习机会，日本设立了对高中生等的支援制度。由于这个制度的成立，公立高中和私立高中的学费等的差距也就随之缩小。被称为“高中实质无偿化”的制度是只要满足收入等条件，国家就可以支援高中学费的制度。因为可以抵消公立和一部分私立的学费，所以被称为“实质无偿化”。
根据2020年4月的修订，年收入不足590万日元的家庭，高等学校的就学支援金提高到了39万6000日元（最大）。年收入590万日元以上且不满910万日元的家庭，每年也会支付11万8800日元的支援金。这是不需要归还的补助金。入学后办理手续时，学校会代替学生本人收取入学支援金，作为学费来支付。另外，因为可以在网上申请，所以这是一种使用方便的补助制度。
而且，也可以同时使用都道府县的支援制度（根据地域不同）。东京都私立学校财团“减免学费补助金事业”的减轻额上限为46万7000日元（令和3年的情况）。如果与国家的制度一起使用，东京都内居住的年收入不到910万日元的家庭可以减轻46万7000日元的学费负担。
不过，其支援对象是“学费”，设施整备费和教育充实费等学费以外的学校缴纳金不成为对象。学费以外的教育费（教科书费、教材费等）花销如下图所示。根据地域的不同，也有地方设立了入学准备所需费用的补助制度。
另外，公立高中以及不是大学附属的私立高中，大学等升学的时候有考试，所以学校教育以外的费用非常重要。不仅要花费考试费用，为了突破考试，很多学生都会去补习学校和补习班，在学校外支出的费用往往会增加。因此在日本上学，根据目标不同，前进的道路不同，所需要花费的金额自然也会是有差距的。
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